Câu lạc bộ được thành lập vào năm 1888 và đến mùa giải 1905-06 là nhà vô địch của Dorset Junior League.[2][3] Câu lạc bộ đã trở thành thành viên của Dorset Senior League khi bắt đầu mùa giải 1931-32 và một mùa giải sau đó là nhà vô địch của giải đấu.[3]

Sau Thế chiến thứ hai, câu lạc bộ đã chơi ở Cúp FA lần đầu tiên, lọt vào vòng Tiền Sơ loại trước khi bị Alton Town loại.[4] Câu lạc bộ trở thành một trong những thành viên sáng lập của Dorset Football Combination League vào đầu mùa giải 1957-58.[3] Bốn mùa giải sau, câu lạc bộ lần đầu tiên lọt vào trận chung kết Dorset Senior Cup, nhưng để thua Dorchester Town.[3][5] Câu lạc bộ tiếp tục thi đấu Combination cho đến khi kết thúc mùa giải 1961-62, khi lại rơi xuống các giải đấu Dorset.[3]

Mùa giải 1976-77 chứng kiến câu lạc bộ trở lại giải đấu Dorset Combination.[4] Câu lạc bộ tiếp tục vô địch Combination trong mùa giải 1988-89.[6] Đội lặp lại thành công danh hiệu một lần nữa trong mùa giải 1996-97.[4]

Khi Wessex Football League mở rộng để bắt đầu mùa giải 2004-05, câu lạc bộ chuyển đến Division Two mới được thành lập.[7] Mùa giải tiếp theo, câu lạc bộ lần đầu tiên lọt vào FA Vase, nơi họ bị Westbury United loại ở Vòng loại thứ nhất.[4] Câu lạc bộ ở lại giải đấu Wessex thêm một mùa giải, khi họ xếp cuối bảng và bị xuống hạng ở Dorset Premier Football League.[4] Mùa giải 2013-14, Shaftesbury Town tiếp tục thi đấu tại Dorset Premier League challenge, bắt đầu vào ngày 10 tháng 8 trước Wareham Rangers.